士为找回失去的记忆而来到新的世界“士的世界”。在这个世界里，士等人来到了一座谜之西式大屋，在屋内他们遇到了一个称士为哥哥、并一直等待着他的少女·门矢小夜。负责照顾小夜的谜之男·月影告诉士等人这个世界已经开始出现毁灭的现象，要防止最恶劣的事态发生，必须决定一个最强的假面骑士，难道夏海梦见的骑士大战即将成为现实……？                                                                    　　然而，于九死一生的骑士大战过后，大地上突然出现巨大的建筑物：大修卡的基地……

和平年代，继承了假面超人Kiva衣钵的少年红渡（濑户康史饰）进入森罗高中，展开了磕磕绊绊的校园生活。某天，一名仓皇落魄的逃犯闯入高中，此人名叫杉村隆（堀内健饰），是一个历经22年岁月未见衰老的奇怪之人。一阵混乱过后，杉村隆被两个疑似Fangire的怪人劫持。从假面骑士Rey白峰天斗（山本匠马饰）和名护启介（加藤庆祐饰）的口中得知，杉村不老的秘密极可能和22年前其亲手策划的劫持女子音乐家的事件有关，而这一切导致了最为恐怖的上古魔王Legendora的复活。为了阻止Legendora的阴谋，红渡穿越时空回到了1986年，并且见到了自己的父亲红音也（武田航平饰）。他与父亲试图改变历史，然而一切依旧朝着最糟糕的事态发展……

1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。                                                                    　　2006年，在這個沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEO ZECT，而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現，令戰局產生極大變化。                                                                    　　ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，於是提出「天空之梯子計劃」，於大氣層的太空站設置巨型CLOCK UP機器，製造轉移空間把彗星拉往地球，製造出莫大的水源。透過這個計劃，ZECT的權力就會越趨龐大，足以支配地球。                                                                    　　ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」，而從天道手上得知這項情報的NEO ZECT，亦決定搶奪這個計劃，壓抑ZECT繼續增大權力。                                                                    　　為了組織而戰的ZECT戰士大和鐵騎與矢車想；                                                                    　　為了自由而戰的NEO ZECT戰士織田秀成和風間大介；                                                                    　　為了最愛的日和而戰的加賀美新，還有目的完全不明的天道總司；                                                                    　　以及身份神秘的黃金假面騎士。                                                                    　　在各人思想交錯的漩渦中，假面騎士的戰鬥已延伸到浩瀚宇宙…

霓虹闪烁的大都市，彩虹旋风突然降临。操真晴人（白石隼也 饰）与操纵这一切的金色魔法师（阵内孝则 饰）对决，却最终陷入昏迷。当他和阿历（奥仲麻琴 饰）苏醒后发现，整个世界都变成了魔法国度，人们通过变身腰带和魔法戒指随心所欲使用魔法，并且习以为常，乐在其中。虽然也有Phantom作乱，但是每一个市民都可以变成假面骑士打败进犯者。二人因身份可疑，遭到大门凛子（高山侑子 饰）逮捕，继而被送到魔法王国统治者玛雅大王（忍成修吾 饰）的宫殿。困扰的二人与新结识的朋友们，必须迎来一连串的挑战。                                                                    　　在这个甚为怪异的平行世界，他们该如何打败金色魔法师，回到原来的世界呢？